Skip to main content
Jaiswal Lab
Main menu
Home
Projects
Lab Members
Publications
Funding
Lab Blog
Genomics Data
Software
Teaching
Jobs/Positions
Contact
User login
Username
*
Password
*
Request new password
You are here
Home
Biblio
Found 24 results
Filters:
Author
is
Naithani, Sushma
[Clear All Filters]
2023
S. Naithani
,
Mohanty, B.
,
Elser, J.
,
D’Eustachio, P.
, and
Jaiswal, P.
,
“
Biocuration of a Transcription Factors Network Involved in Submergence Tolerance during Seed Germination and Coleoptile Elongation in Rice (Oryza sativa)
”
,
Plants
, vol. 12, p. 2146, 2023.
2022
A. D. Yates
,
Allen, J.
,
Amode, R. M.
,
Azov, A. G.
,
Barba, M.
,
Becerra, A.
,
Bhai, J.
,
Campbell, L. I.
,
Martinez, M. Carbajo
,
Chakiachvili, M.
,
Chougule, K.
,
Christensen, M.
,
Contreras-Moreira, B.
,
Cuzick, A.
,
Fioretto, L. Da Rin
,
Davis, P.
,
De Silva, N. H.
,
Diamantakis, S.
,
Dyer, S.
,
Elser, J.
,
Filippi, C. V.
,
Gall, A.
,
Grigoriadis, D.
,
Guijarro-Clarke, C.
,
Gupta, P.
,
Hammond-Kosack, K. E.
,
Howe, K. L.
,
Jaiswal, P.
,
Kaikala, V.
,
Kumar, V.
,
Kumari, S.
,
Langridge, N.
,
Le, T.
,
Luypaert, M.
,
Maslen, G. L.
,
Maurel, T.
,
Moore, B.
,
Muffato, M.
,
Mushtaq, A.
,
Naamati, G.
,
Naithani, S.
,
Olson, A.
,
Parker, A.
,
Paulini, M.
,
Pedro, H.
,
Perry, E.
,
Preece, J.
,
Quinton-Tulloch, M.
,
Rodgers, F.
,
Rosello, M.
,
Ruffier, M.
,
Seager, J.
,
Sitnik, V.
,
Szpak, M.
,
Tate, J.
,
Tello-Ruiz, M. K.
,
Trevanion, S. J.
,
Urban, M.
,
Ware, D.
,
Wei, S.
,
Williams, G.
,
Winterbottom, A.
,
Zarowiecki, M.
,
Finn, R. D.
, and
Flicek, P.
,
“
Ensembl Genomes 2022: an expanding genome resource for non-vertebrates.
”
,
Nucleic Acids Res
, vol. 50, no. D1, pp. D996-D1003, 2022.
P. Gupta
,
Naithani, S.
,
Preece, J.
,
Kim, S.
,
Cheng, T.
,
D'Eustachio, P.
,
Elser, J.
,
Bolton, E. E.
, and
Jaiswal, P.
,
“
Plant Reactome and PubChem: The Plant Pathway and (Bio)Chemical Entity Knowledgebases.
”
,
Methods Mol Biol
, vol. 2443, pp. 511-525, 2022.
2021
S. Naithani
,
Dikeman, D.
,
Garg, P.
,
Al-Bader, N.
, and
Jaiswal, P.
,
“
Beyond gene ontology (GO): using biocuration approach to improve the gene nomenclature and functional annotation of rice S-domain kinase subfamily.
”
,
PeerJ
, vol. 9, p. e11052, 2021.
P. Gupta
,
Geniza, M.
,
Naithani, S.
,
Phillips, J. L.
,
Haq, E.
, and
Jaiswal, P.
,
“
Chia (Salvia hispanica) Gene Expression Atlas Elucidates Dynamic Spatio-Temporal Changes Associated With Plant Growth and Development.
”
,
Front Plant Sci
, vol. 12, p. 667678, 2021.
M. K. Tello-Ruiz
,
Naithani, S.
,
Gupta, P.
,
Olson, A.
,
Wei, S.
,
Preece, J.
,
Jiao, Y.
,
Wang, B.
,
Chougule, K.
,
Garg, P.
,
Elser, J.
,
Kumari, S.
,
Kumar, V.
,
Contreras-Moreira, B.
,
Naamati, G.
,
George, N.
,
Cook, J.
,
Bolser, D.
,
D'Eustachio, P.
,
Stein, L. D.
,
Gupta, A.
,
Xu, W.
,
Regala, J.
,
Papatheodorou, I.
,
Kersey, P. J.
,
Flicek, P.
,
Taylor, C.
,
Jaiswal, P.
, and
Ware, D.
,
“
Gramene 2021: harnessing the power of comparative genomics and pathways for plant research.
”
,
Nucleic Acids Res
, vol. 49, no. D1, pp. D1452-D1463, 2021.
2020
S. Naithani
,
Gupta, P.
,
Preece, J.
,
D'Eustachio, P.
,
Elser, J. L.
,
Garg, P.
,
Dikeman, D. A.
,
Kiff, J.
,
Cook, J.
,
Olson, A.
,
Wei, S.
,
Tello-Ruiz, M. K.
,
Mundo, A. Fabregat
,
Munoz-Pomer, A.
,
Mohammed, S.
,
Cheng, T.
,
Bolton, E.
,
Papatheodorou, I.
,
Stein, L.
,
Ware, D.
, and
Jaiswal, P.
,
“
Plant Reactome: a knowledgebase and resource for comparative pathway analysis.
”
,
Nucleic Acids Res
, vol. 48, no. D1, pp. D1093-D1103, 2020.
2019
K. L. Howe
,
Contreras-Moreira, B.
,
De Silva, N.
,
Maslen, G.
,
Akanni, W.
,
Allen, J.
,
Alvarez-Jarreta, J.
,
Barba, M.
,
Bolser, D. M.
,
Cambell, L.
,
Carbajo, M.
,
Chakiachvili, M.
,
Christensen, M.
,
Cummins, C.
,
Cuzick, A.
,
Davis, P.
,
Fexova, S.
,
Gall, A.
,
George, N.
,
Gil, L.
,
Gupta, P.
,
Hammond-Kosack, K. E.
,
Haskell, E.
,
Hunt, S. E.
,
Jaiswal, P.
,
Janacek, S. H.
,
Kersey, P. J.
,
Langridge, N.
,
Maheswari, U.
,
Maurel, T.
,
McDowall, M. D.
,
Moore, B.
,
Muffato, M.
,
Naamati, G.
,
Naithani, S.
,
Olson, A.
,
Papatheodorou, I.
,
Patricio, M.
,
Paulini, M.
,
Pedro, H.
,
Perry, E.
,
Preece, J.
,
Rosello, M.
,
Russell, M.
,
Sitnik, V.
,
Staines, D. M.
,
Stein, J.
,
Tello-Ruiz, M. K.
,
Trevanion, S. J.
,
Urban, M.
,
Wei, S.
,
Ware, D.
,
Williams, G.
,
Yates, A. D.
, and
Flicek, P.
,
“
Ensembl Genomes 2020-enabling non-vertebrate genomic research.
”
,
Nucleic acids research
, 2019.
S. Naithani
,
Gupta, P.
,
Preece, J.
,
Garg, P.
,
Fraser, V.
,
Padgitt-Cobb, L. K.
,
Martin, M.
,
Vining, K.
, and
Jaiswal, P.
,
“
Involving community in genes and pathway curation.
”
,
Database : the journal of biological databases and curation
, vol. 2019, 2019.
2018
L. Harper
,
Campbell, J.
,
Cannon, E. K. S.
,
Jung, S.
,
Poelchau, M.
,
Walls, R.
,
Andorf, C.
,
Arnaud, E.
,
Berardini, T. Z.
,
Birkett, C.
,
Cannon, S.
,
Carson, J.
,
Condon, B.
,
Cooper, L.
,
Dunn, N.
,
Elsik, C. G.
,
Farmer, A.
,
Ficklin, S. P.
,
Grant, D.
,
Grau, E.
,
Herndon, N.
,
Hu, Z. - L.
,
Humann, J.
,
Jaiswal, P.
,
Jonquet, C.
,
Laporte, M. - A.
,
Larmande, P.
,
Lazo, G.
,
McCarthy, F.
,
Menda, N.
,
Mungall, C. J.
,
Munoz-Torres, M. C.
,
Naithani, S.
,
Nelson, R.
,
Nesdill, D.
,
Park, C.
,
Reecy, J.
,
Reiser, L.
,
Sanderson, L. - A.
,
Sen, T. Z.
,
Staton, M.
,
Subramaniam, S.
,
Tello-Ruiz, M. K.
,
Unda, V.
,
Unni, D.
,
Wang, L.
,
Ware, D.
,
Wegrzyn, J.
,
Williams, J.
,
Woodhouse, M.
,
Yu, J.
, and
Main, D.
,
“
AgBioData consortium recommendations for sustainable genomics and genetics databases for agriculture.
”
,
Database : the journal of biological databases and curation
, vol. 2018, 2018.
M. K. Tello-Ruiz
,
Naithani, S.
,
Stein, J. C.
,
Gupta, P.
,
Campbell, M.
,
Olson, A.
,
Wei, S.
,
Preece, J.
,
Geniza, M. J.
,
Jiao, Y.
,
Lee, Y. K.
,
Wang, B.
,
Mulvaney, J.
,
Chougule, K.
,
Elser, J.
,
Al-Bader, N.
,
Kumari, S.
,
Thomason, J.
,
Kumar, V.
,
Bolser, D. M.
,
Naamati, G.
,
Tapanari, E.
,
Fonseca, N.
,
Huerta, L.
,
Iqbal, H.
,
Keays, M.
,
Munoz-Pomer Fuentes, A.
,
Tang, A.
,
Fabregat, A.
,
D'Eustachio, P.
,
Weiser, J.
,
Stein, L. D.
,
Petryszak, R.
,
Papatheodorou, I.
,
Kersey, P. J.
,
Lockhart, P.
,
Taylor, C.
,
Jaiswal, P.
, and
Ware, D.
,
“
Gramene 2018: unifying comparative genomics and pathway resources for plant research.
”
,
Nucleic acids research
, vol. 46, no. D1, pp. D1181-D1189, 2018.
S. Naithani
,
Preece, J.
,
D'Eustachio, P.
,
Gupta, P.
,
Amarasinghe, V.
,
Dharmawardhana, P. D.
,
Wu, G.
,
Fabregat, A.
,
Elser, J. L.
,
Weiser, J.
,
Keays, M.
,
Munoz-Pomer Fuentes, A.
,
Petryszak, R.
,
Stein, L. D.
,
Ware, D.
, and
Jaiswal, P.
,
“
Plant Reactome: a resource for plant pathways and comparative analysis.
”
,
Nucleic acids research
, vol. 45, no. D1, pp. D1029-D1039, 2018.
2017
S. Naithani
and
Jaiswal, P.
,
“
Pathway Analysis and Omics Data Visualization Using Pathway Genome Databases: FragariaCyc, a Case Study.
”
,
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
, vol. 1533, pp. 241-256, 2017.
S. Naithani
,
Geniza, M.
, and
Jaiswal, P.
,
“
Variant Effect Prediction Analysis Using Resources Available at Gramene Database.
”
,
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
, vol. 1533, pp. 279-297, 2017.
2016
S. Naithani
,
Partipilo, C. M.
,
Raja, R.
,
Elser, J. L.
, and
Jaiswal, P.
,
“
FragariaCyc: A Metabolic Pathway Database for Woodland Strawberry Fragaria vesca.
”
,
Frontiers in plant science
, vol. 7, p. 242, 2016.
M. K. Tello-Ruiz
,
Stein, J.
,
Wei, S.
,
Preece, J.
,
Olson, A.
,
Naithani, S.
,
Amarasinghe, V.
,
Dharmawardhana, P.
,
Jiao, Y.
,
Mulvaney, J.
,
Kumari, S.
,
Chougule, K.
,
Elser, J.
,
Wang, B.
,
Thomason, J.
,
Bolser, D. M.
,
Kerhornou, A.
,
Walts, B.
,
Fonseca, N. A.
,
Huerta, L.
,
Keays, M.
,
Tang, A. Y.
,
Parkinson, H.
,
Fabregat, A.
,
McKay, S.
,
Weiser, J.
,
D'Eustachio, P.
,
Stein, L.
,
Petryszak, R.
,
Kersey, P. J.
,
Jaiswal, P.
, and
Ware, D.
,
“
Gramene 2016: comparative plant genomics and pathway resources.
”
,
Nucleic acids research
, vol. 44, no. D1, pp. D1133-40, 2016.
P. Gupta
,
Naithani, S.
,
Tello-Ruiz, M. K.
,
Chougule, K.
,
D'Eustachio, P.
,
Fabregat, A.
,
Jiao, Y.
,
Keays, M.
,
Lee, Y. K.
,
Kumari, S.
,
Mulvaney, J.
,
Olson, A.
,
Preece, J.
,
Stein, J.
,
Wei, S.
,
Weiser, J.
,
Huerta, L.
,
Petryszak, R.
,
Kersey, P.
,
Stein, L. D.
,
Ware, D.
, and
Jaiswal, P.
,
“
Gramene Database: Navigating Plant Comparative Genomics Resources.
”
,
Current plant biology
, vol. 7-8, pp. 10-15, 2016.
2014
S. E. Fox
,
Geniza, M.
,
Hanumappa, M.
,
Naithani, S.
,
Sullivan, C. M.
,
Preece, J.
,
Tiwari, V. I. K.
,
Elser, J.
,
Leonard, J. M.
,
Sage, A.
,
Gresham, C.
,
Kerhornou, A.
,
Bolser, D.
,
McCarthy, F.
,
Kersey, P.
,
Lazo, G. R.
, and
Jaiswal, P.
,
“
De Novo Transcriptome Assembly and Analyses of Gene Expression during Photomorphogenesis in Diploid Wheat Triticum monococcum.
”
,
PLoS ONE
, vol. 9, no. 5, 2014.
K. J. Vining
,
Romanel, E.
,
Jones, R. C.
,
Klocko, A.
,
Alves-Ferreira, M.
,
Hefer, C. A.
,
Amarasinghe, V.
,
Dharmawardhana, P.
,
Naithani, S.
,
Ranik, M.
,
Wesley-Smith, J.
,
Solomon, L.
,
Jaiswal, P.
,
Myburg, A. A.
, and
Strauss, S. H.
,
“
The floral transcriptome of Eucalyptus grandis.
”
,
The New phytologist
, 2014.
A. A. Myburg
,
Grattapaglia, D.
,
Tuskan, G. A.
,
Hellsten, U.
,
Hayes, R. D.
,
Grimwood, J.
,
Jenkins, J.
,
Lindquist, E.
,
Tice, H.
,
Bauer, D.
,
Goodstein, D. M.
,
Dubchak, I.
,
Poliakov, A.
,
Mizrachi, E.
,
Kullan, A. R. K.
,
Hussey, S. G.
,
Pinard, D.
,
van der Merwe, K.
,
Singh, P.
,
van Jaarsveld, I.
,
Silva-Junior, O. B.
,
Togawa, R. C.
,
Pappas, M. R.
,
Faria, D. A.
,
Sansaloni, C. P.
,
Petroli, C. D.
,
Yang, X.
,
Ranjan, P.
,
Tschaplinski, T. J.
,
Ye, C. - Y.
,
Li, T.
,
Sterck, L.
,
Vanneste, K.
,
Murat, F.
,
Soler, M.
,
Clemente, H. S.
,
Saidi, N.
,
Cassan-Wang, H.
,
Dunand, C.
,
Hefer, C. A.
,
Bornberg-Bauer, E.
,
Kersting, A. R.
,
Vining, K.
,
Amarasinghe, V.
,
Ranik, M.
,
Naithani, S.
,
Elser, J.
,
Boyd, A. E.
,
Liston, A.
,
Spatafora, J. W.
,
Dharmwardhana, P.
,
Raja, R.
,
Sullivan, C.
,
Romanel, E.
,
Alves-Ferreira, M.
,
Külheim, C.
,
Foley, W.
,
Carocha, V.
,
Paiva, J.
,
Kudrna, D.
,
Brommonschenkel, S. H.
,
Pasquali, G.
,
Byrne, M.
,
Rigault, P.
,
Tibbits, J.
,
Spokevicius, A.
,
Jones, R. C.
,
Steane, D. A.
,
Vaillancourt, R. E.
,
Potts, B. M.
,
Joubert, F.
,
Barry, K.
,
Pappas, G. J.
,
Strauss, S. H.
,
Jaiswal, P.
,
Grima-Pettenati, J.
,
Salse, J.
,
Van de Peer, Y.
,
Rokhsar, D. S.
, and
Schmutz, J.
,
“
The genome of Eucalyptus grandis.
”
,
Nature
, vol. 510, no. 7505, pp. 356-62, 2014.
M. K. Monaco
,
Stein, J.
,
Naithani, S.
,
Wei, S.
,
Dharmawardhana, P.
,
Kumari, S.
,
Amarasinghe, V.
,
Youens-Clark, K.
,
Thomason, J.
,
Preece, J.
,
Pasternak, S.
,
Olson, A.
,
Jiao, Y.
,
Lu, Z.
,
Bolser, D.
,
Kerhornou, A.
,
Staines, D.
,
Walts, B.
,
Wu, G.
,
D'Eustachio, P.
,
Haw, R.
,
Croft, D.
,
Kersey, P. J.
,
Stein, L.
,
Jaiswal, P.
, and
Ware, D.
,
“
Gramene 2013: comparative plant genomics resources.
”
,
Nucleic acids research
, vol. 42, no. Database issue, pp. D1193-9, 2014.
S. Naithani
,
Raja, R.
,
Waddell, E. N.
,
Elser, J.
,
Gouthu, S.
,
Deluc, L. G.
, and
Jaiswal, P.
,
“
VitisCyc: a metabolic pathway knowledgebase for grapevine (Vitis vinifera).
”
,
Frontiers in plant science
, vol. 5, p. 644, 2014.
2013
M. K. Monaco
,
Sen, T. Z.
,
Dharmawardhana, P. D.
,
Ren, L.
,
Schaeffer, M.
,
Naithani, S.
,
Amarasinghe, V.
,
Thomason, J.
,
Harper, L.
,
Gardiner, J.
,
Cannon, E. K. S.
,
Lawrence, C. J.
,
Ware, D.
, and
Jaiswal, P.
,
“
Maize Metabolic Network Construction and Transcriptome Analysis
”
,
The Plant Genome
, vol. 6, no. 1, pp. 1-12, 2013.
2011
V. Shulaev
,
Sargent, D. J.
,
Crowhurst, R. N.
,
Mockler, T. C.
,
Folkerts, O.
,
Delcher, A. L.
,
Jaiswal, P.
,
Mockaitis, K.
,
Liston, A.
,
Mane, S. P.
,
Burns, P.
,
Davis, T. M.
,
Slovin, J. P.
,
Bassil, N.
,
Hellens, R. P.
,
Evans, C.
,
Harkins, T.
,
Kodira, C.
,
Desany, B.
,
Crasta, O. R.
,
Jensen, R. V.
,
Allan, A. C.
,
Michael, T. P.
,
Setubal, J. C.
,
Celton, J. - M.
,
Rees, J. D. G.
,
Williams, K. P.
,
Holt, S. H.
,
Ruiz Rojas, J. J.
,
Chatterjee, M.
,
Liu, B.
,
Silva, H.
,
Meisel, L.
,
Adato, A.
,
Filichkin, S. A.
,
Troggio, M.
,
Viola, R.
,
Ashman, T. - L.
,
Wang, H.
,
Dharmawardhana, P.
,
Elser, J.
,
Raja, R.
,
Priest, H. D.
,
Bryant, D. W.
,
Fox, S. E.
,
Givan, S. A.
,
Wilhelm, L. J.
,
Naithani, S.
,
Christoffels, A.
,
Salama, D. Y.
,
Carter, J.
,
Lopez Girona, E.
,
Zdepski, A.
,
Wang, W.
,
Kerstetter, R. A.
,
Schwab, W.
,
Korban, S. S.
,
Davik, J.
,
Monfort, A.
,
Denoyes-Rothan, B.
,
Arus, P.
,
Mittler, R.
,
Flinn, B.
,
Aharoni, A.
,
Bennetzen, J. L.
,
Salzberg, S. L.
,
Dickerman, A. W.
,
Velasco, R.
,
Borodovsky, M.
,
Veilleux, R. E.
, and
Folta, K. M.
,
“
The genome of woodland strawberry(Fragaria vesca).
”
,
Nature genetics
, vol. 43, no. 2, pp. 109-16, 2011.
Major Grants
Recent blog posts
Unlocking the genome and secrets of Chia seed: The Nutritional Powerhouse
Jaiswal Lab receives its first space biology funding from NASA to study plant transcriptomes.
Jaiswal Lab member Dr. Parul Gupta recognized by NASA Genelab AWG
2016 STEM Summer Camp on DNA Biology and Bioinformatics
NSF Funds Development of Common Reference Ontologies and Applications for Plant Biology
Job posting: Software and Database developer
Job posting: Plant Pathway and Gene Network curator position at Postdoc scholar level
Job posting: Postdoctoral Scholar Position Available- Biocuration and Ontology Development for Plant Genomics and Phenomics
High School Students Genotype Einkorn Wheat Varieties in DNA Biology Summer Camp at Oregon State University
Genome could unlock eucalyptus potential for paper, fuel and fiber
More